Egyetemünk névadója, Zrínyi Miklós (1620-1664) fogalmazta meg, hogy az ország védelme elképzelhetetlen tisztképzés nélkül. Később II. Rákóczi Ferenc (1676-1735) törekvéseiben bukkantak fel a képzés intézményesítésének igényei. 1808-ban I. Ferenc császár uralkodása alatt a magyar országgyűlés elfogadta a magyar tisztképzésről szóló törvényjavaslatot, amelynek eredményeként először Vácon, majd Pesten kezdték meg az ún. Ludoviceum felállítását, amely csak 1848-ban kezdte meg rövid ideig tartó működését. Az 1848/49-es szabadságharc leverése után az 1867-ig tartó időszakban hazánkban tisztképzés nem volt. A kiegyezés után 1872-ben létrejött a Ludovika Akadémia. Az első világháborúig tartó időszakban az intézmény folyamatosan fejlesztette képzési rendszerét.
1914-1918 között az Akadémia nehéz időket élt meg, hiszen az egyre csökkenő számú hallgatót a háborús igényeknek megfelelően rövidebb idő alatt kellett kiképezni. Az első világháborút követő zavaros időszakban az intézmény hallgatói és oktatói rendkívül bizonytalan időszakot éltek át, majd a Tanácsköztársaság alatt, 1919 áprilisában a Ludovikát feloszlatták. A tisztképzés 1920-ban indult újra, azonban az első világháborút lezáró trianoni béke katonai előírásai csak nagyon korlátozott mértékben adtak erre lehetőséget.
A két világháború között a magyar tisztképzésnek egy viszonlyag korszerű rendszere alakult ki, amelynek eredményességét pénztelenség, a gyakorlatok és a modern fegyvernemek hiánya erősen csökkentették. Ezt a második világháborúban elszenvedett óriási veszteségek sajnos igazolták is.
1947-49 között még a régi alapokon, de már a szovjet vezetés ideológiai elvárásainak megfelelően indították újjá a magyar tisztképzést, így nyitotta meg kapuit például a Honvéd Kossuth Akadémia és a Honvéd Petőfi Nevelőtiszti Akadémia is. 1949-ben szovjet mintára csekély szakmai hatékonysággal működő ún. fegyvernemi tiszti iskolákat hoztak létre, amelyek összevonásával jött létre az 1967-ig működő Egyesített Tiszti Iskola (ETI). 1950-ben állították fel a fegyvernemi tisztek továbbképzésére a Honvéd Akadémiát, amely 1955-ben vette fel a Zrínyi Miklós Katonai Akadémia nevet. Az ETI utódjaként 1967-ben alakult meg négyéves képzési idővel a Kossuth Lajos Katonai Főiskola Szentendrén, a Zalka Máté Katonai Műszaki Főiskola Budapesten és a Kilián György Repülő Műszaki Főiskola Szolnokon. A fenti intézmények megalakulásának logikus következményeként a Zrínyi Miklós Katonai Akadémia fokozatosan egyetemi szintű képzésre tért át, amelynek eredményeként 1983-tól az intézmény doktori címeket is adományozhatott.
Az 1989-es rendszerváltást követő évek társadalmi változásai, valamint a felsőoktatás modernizációja elengedhetetlenné tették a katonai felsőoktatás gyökeres átalakítását is. 1993-ban az Egyetemen újraindult az önálló magyar vezérkari tisztképzés, mint felőfokú vezetőképzés.
1996. szeptember 1-jétől a katonai felőoktatási intézmények kiváltak a Magyar Honvédség szervezetéből. Megalakult a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetem, amely magában foglalta a korábbi Zrínyi Miklós Katonai Akadémiát, a Kossuth Lajos Katonai Főiskolát és a Szolnoki Repülőtiszti Főiskolát. Az Akadémia bázisán egyetemi karok - Hadtudományi, valamint Vezetés- és Szervezéstudományi Kar - kezdték meg működésüket, míg a korábbi főiskolák önálló főiskolai karokká alakultak át. Az Egyetem a jogelőd intézmények kampuszain (Budapest, Szentendre, Szolnok) állt fel, amelynek szervezetében fontos szerepet kapott a Társadalomtudományi Intézet, a Nyelvi Intézet, továbbá az újonnan létrehozott Katonai Testnevelési és Sport Intézet, illetve a Katonai Alapozó és Továbbképző Központ.
1997. szeptember 1-jei hatállyal az önálló főiskolai karok integrálódtak az egyetemi karok szervezetébe. Az újonnan megalakított Repülőtiszti Intézet, valamint az intézményünkbe integrálódott Békepartnerségi Katonai Nyelvközpont és Stratégiai Védelmi Kutatóintézet az oktatás feltételeit javították. A felsőoktatási intézményhálózat átalakításáról szóló törvény értelmében 2000. január 1-jével a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetem és a Bolyai János Katonai Műszaki Főiskola integrálódott, s az utóbbi mint önálló főiskolai kar jelent meg a szervezeti struktúrában. Ezzel az Egyetem a nemzetvédelmi felsőoktatás egyetlen intézményévé vált.
2002. februárjában a Magyar Akkreditációs Bizottság elismerte a Hadtudományi Doktori Iskolát és Katonai Műszaki Doktori Iskolát.
A képzés 2004. szeptember 01-jétől a Bolyai János Katonai Műszaki Főiskolai Kar, valamint a Vezetés- és Szervezéstudományi Kar egyesülésével már két egyetemi karon, a Kossuth Lajos Hadtudományi karon, valamint a Bolyai János Katonai Műszaki Karon folyt.
A fenti változásokkal párhuzamosan Egyetemünk is részesévé vált az egységes Európai Felsőoktatási Térség megteremtését célzó Bolognai Folyamatnak, amelyben a többciklusú képzési rendszerben szerzett végzettségek Európa-szerte könnyebben összehasonlíthatóak, és ezáltal könnyebben elismerhetőek lesznek.
A ZMNE a 2005/06-os tanévben az alapképzési szakok és a későbbiek során a mesterképzési szakok alapításával és indításával - hazánkban elsőként tett eleget a felsőoktatás iránti nemzetközi oktatáspolitikai igényeknek.